在花都区内，有两条地铁线路经过（3号线和9号线）
1.花都汽车城站——机场南站 途经：嘉禾望岗、龙归、人和、三元里、中山纪念堂、北京西路、小北、广州东站、白云区医院 （2013年1月份开通）
2.高增站——机场北（二号航站楼） 途经：高增、黄边、白云文化广场、广州体育馆、白云国际会议中心、云景花园、棠溪、黄石路、马务 （2013年12月28日开通）
目前规划在建的4条新地铁线中有一条是机场快线，从黄埔客运港到广州东站，并在凤凰北路设站点，建成后可以接驳6号线、13号支线及14号线。 这条线路计划2017年至2020年期间建成并投入使用。
赫连茹琳优质答主广州地铁九号线北起花都炭步镇，南至白云区高架至天河棠东，全长40.4公里。地铁9号线全线共设车站21座（其中高架车站3座，地下车站18座），分别为广州市花都区正号线：清布、清㘵、花城路、花城广场、三溪、马鞍山公园、花果山公园、广州北站、炭步、紫薇园、花都广场、迎宾大道、秀全、凤翔、东镜、清㘵、清布；副中心支线：高增、庆达、平沙和飞鹅岭。
广州地铁九号线规划设置3个车辆段，为正线车辆基地（大田车辆段）、支线车辆基地、上九路车辆基地（预留）。
广州地铁九号线共设换乘车站9座，分别为：广州市花都区正线：花城路站与APM线换乘，花城广场站与三号线、十三号线换乘，三溪站与十三号线换乘，马鞍山森林公园站与五号线东延段、八号线北延段换乘，广州北站与十号线、广州城际轨道北环线换乘，炭步站与广清城际轨道以及规划地铁线（暂为十五号线）换乘，秀全站与规划地铁线（暂为十五号线）换乘，清布站与广州城际轨道北环线换乘。
副中心支线：高增站与在建三号线东延线换乘，平沙站与规划二十五号线换乘。
2019年12月3日，广州地铁9号线二期工程可行性研究报告正式获批。工程起于9号线一期飞鹅岭站，终于花都区花城路站，线路全长10.9公里，共设10座车站，均为地下车站，平均站间距1.21公里，投资估算95.76亿元，计划总工期5年。9号线二期工程建成后，广州地铁9号线全长46.8公里。
